Felipe II sintiendo la cercanía del fin de sus días, en junio de 1598, ordenó ser trasladado a San Lorenzo del Escorial. Era allí donde quería pasar sus horas postrimeras dedicado a ajustar cuentas con Dios orando con tal intensidad que, hasta sus asistentes espirituales, estaban sorprendidos por la capacidad de sacrificio del rey, teniendo en cuenta  el dolor y el deterioro físico que sufría.

Dos años y medio llevaba el Rey, practicamente, sin poderse poner en pié debido a la gota que padecía. La inflamación de una rodilla era tal que fue preciso abrirsela  con grande dolor, mitigado solamente por el efecto de las lecturas religiosas que, a tal tiempo, su confesor recitaba colocado tras la cabecera de la cama .

Las manos tenía maltratadas  debido a las heridas causadas por el humor de la gota; en algún momento de su larga agonía,  tratando de preservar  cierto decoro,  solicitó se le cortaran las uñas y se le limpiaran las manos. 

A lo largo de los 53 días que estuvo postrado en la cama de espalda, con calentura,  llagado y manando materia, comulgó en cuatro ocasiones. La confesión final se prolongó durante  tres jornadas  y se efectuó, a petición del interesado, a modo de interrogatorio para asegurarse que ni el más mínimo pecado  quedara escondido e impidiera la salvación del ánima. Día y noche los sacerdotes que le acompañaban leían, sin cesar, textos sagrados. Gustaba, en especial, de escuchar la parábola del hijo pródigo y de la oveja descarriada, así como la oración de Jesús en el huerto de los olivos.

Felipe III, hijo y heredero del rey, presenció la administración del sacramento de la extremaunción, como  había dispuesto y ordenado su padre.

Dos o tres horas antes de expirar tuvo un paroxismo tan grande que todos tuvimos por cierto había acabado y, queriéndole cubrir, abrió los ojos con gran viveza...

Ni el brazo de San Vicente Ferrer,  ni la rodilla de San Sebastián obraron el milagro de la curación ; ni siquiera la reliquia de San Albano que el Papa Clemente VIII había enviado, expresamente desde Roma, para tal fin.

Siendo domingo 13 de septiembre de 1598, poco después de las cinco de la mañana, se producía el fatal desenlace  ....con un pequeño movimiento, se le arrancó el alma...

( Las loas del cronista, a la sazón su confesor Fray Diego de  Yepes, a la entereza y temple  de Felipe II en los últimos días de su vida, hay que tomarlas con la necesaria reserva porque, a buen seguro, son exageradas. Sería muy extenso referirlas en este artículo pero, créanme, que de ser ciertas, estaríamos ante un fenómeno sobrenatural, cosa poco probable.  En cualquier caso es una opinión personal.)