...Siendo la intención del Rey mi señor y mi abuelo, cuando erigió esa Real Casa, dirigirla toda al culto divino y a que estuviera con entera decencia colocado en ella  Nuestro Señor....

Así hablaba Felipe IV al religioso Fray  Nicolás de Madrid una vez terminadas las obras del Panteón Real del monasterio de San Lorenzo de El  Escorial.

Pero Felipe II también quiso que fuese allí su sepultura y la de sus ascendientes y descendientes en el solio, pero delegó en su hijo y heredero  Felipe III para que escogiera el lugar idóneo y construyera  la cripta.  Así lo hizo, aunque su prematura muerte le impidió la conclusión del proyecto, dejando a  Felipe IV encargado de rematar y perfeccionar la obra de modo que fuera decente morada de tales habitadores.

En 12 de marzo de 1654, Fray Nicolás recibe instrucciones del Rey para llevar acabo el traslado de los restos mortales de sus regios antecesores a su morada definitiva.

Carlos I, Emperador, será depositado en la urna superior del nicho de la parte del Evangelio. La Emperatriz Isabel, su esposa, en la urna superior del nicho del lado de la Epístola. De manera que queden los varones enfrente de las mujeres. Y así,  bajando por las gradas, siguiendo el orden de sucesión, en la urna que está  debajo de la de Carlos I, se depositarán los restos de Felipe II. Y, en frente, los de la Reina Ana. Y, la urna inferior del lado de los varones, viene a quedar desocupada, la cuál señalo para mi...cuando Dios quiera llevarme de esta vida.

Hasta este momento, la entrega de los cadáveres a los monjes se hacía en la antesacritía , pero...de aquí adelante, se hará en el mismo Panteón y así fenecerá todo el oficio según el ceremonial, haciendo cuenta que aquél cuerpo queda ya en sepulcro. Es decir, haciendo una simulación para después, a vuestras solas, supuesto que es forzoso que el olor del cadáver embarace a los que entraren en aquel sitio, le pondréis en alguna parte reservada de aquellas bóvedas que están dentro de la primera puerta, hasta que no ofenda. Y entonces, se pasará reservadamente a la urna que le tocare.....Pero el nombre se pondrá en ella en haciéndose la entrega...Todo apunta, a la vista de estas disposiciones del Rey, a que empezaba  a funcionar lo que hoy conocemos como pudridero, donde se mantienen los  cadáveres  por espacio de 25 o 30 años con el único fin de que se sequen   para poderlos introducir en los sarcófagos de plomo, cuyas dimensiones son muy reducidas.

Esto es lo que parece conveniente se ejecute en lo venidero, pues es conforme a la voluntad de mi padre....

Dispone, además, Felipe IV que estas instrucciones sean recogidas en los archivos del monasterio para que, en todo momento,  se pueda comprobar que así como obedecía a su padre en vida, lo hace, de la misma forma, después de muerto...dando fin a una obra que tanto deseó ver acabada...y colocando en ella sus cenizas y las de mis abuelos.....