La meteórica carrera  de Sebastián Hurtado de Corcuera se vio ensombrecida en el desempeño de sus funciones de gobierno allá en  las Islas Filipinas.

Como caballero de la orden de Alcántara y capitán de caballos en Flandes su currículo era intachable y le sirvió, entre otras cosas, para embarcarse en una nave, sin los permisos necesarios, en abril de 1627  con destino a las tierras del Perú. Panamá sería el siguiente destino, donde ejerció como presidente de la Audiencia (1634).

En junio de 1636 escribía a Felipe IV desde Manila. Ostentaba el cargo de gobernador de Filipinas desde varios meses atrás y sus diferencias con el arzobispo Hernando Guerrero se tornaron irreconciliables porque.....en diez meses que gobierna no me ha dejado de inquietar y perturbar la paz.....Y es de condición áspera, rígida y desabrida.

En una ocasión un artillero  mató alevosamente a una esclava ......dándole dos puñaladas por los pechos...porque no accedió a ser su esposa. El asesino fue detenido en una iglesia cuando se disponía a confesar. El gobernador ordenó entregarlo al general de la Artillería que, tras juzgarlo, lo condenó a la pena capital. Después de muerto se volvió ( a colocar) a la puerta de la iglesia, de donde le llevó a enterrar la Misericordia.

 Este suceso, concretamente la sentencia de muerte  por un tribunal militar,  desencadenó la cólera del arzobispo, que buscaba protagonismo en la gestión del caso, y a partir de ahí excomulgó al general y  trató por todos los medios de hacer lo propio con el  gobernador, cosa que no pudo lograr.

Una calma aparente  regía las relaciones entre ambas autoridades pero cualquier detalle la hacía saltar por los aires, cosa que ocurría  el Sábado Santo cuando -según relata el gobernador al rey-   el capellán de vuestra majestad del colegio de Santa Potenciana tocó a gloria un cuarto de hora antes que la catedral........Por ello, Hernando Guerrero  le mandó poner dos pares de grillos en casa de su fiscal....

Esta actuación, obviando los detalles,  le valió al arzobispo un humillante destierro de 15 días en la isla Maribeles. Trabajo le costó al gobernador y horas de guardia el poder notificar a su oponente el castigo de destierro ya que,  teniendo aleccionados y amenazados a sus auxiliares cuando alguna autoridad civil se acercaba a su residencia, el arzobispo  tomaba en sus manos la custodia del Santísimo Sacramento  (que había hecho llevar a su casa)  y se vestía de pontifical a sabiendas de que en ese trance nadie podía interrumpirle de palabra ni obra. 

El gobernador se vio tan desbordado para gestionar la situación que llegó a escribir al rey solicitando el nombramiento de otro gobernador ...para que el uno cuide de las cosas eclesiásticas y el otro de las temporales porque uno sólo no lo puede hacer todo.......y mirar por el bien común....

Las desavenencias entre ambos motivaron que los ciudadanos influyentes, tanto religiosos como seglares,  tomaran partido por uno u otro. El deterioro de la convivencia se iba acentuando a medida que pasaba el tiempo. Hurtado de Corcuera mostraba sin tapujos su favoritismo por la Compañía de Jesús, despreciando las demás ordenes religiosas y enfrentándose a sus miembros. La parcialidad, el tráfico de influencias y el excesivo celo en el desempeño de sus funciones y de las ajenas, acabó por llevarle a prisión, ordenada por  su sucesor en el gobierno.