Inés Muñoz estaba casada con el capitán Francisco Martín de Alcántara, hermano del marqués  Francisco Pizarro. Ambos hermanos  habían llegado juntos  a conquistar las tierras del Perú ,permaneciendo Alcántara leal a los dictados de Pizarro. Juntos fueron pasados a cuchillo allá por  el año 1541.

A partir de las primeras conquistas y el sometimiento con éxito de los nativos a la corona española, Pizarro concedió a su hermano, en recompensa por los servicios prestados, una encomienda de tres mil indios. Todo  encomendero estaba obligado a  proteger, cristianizar y, en definitiva,  dirigir a los nativos hacia un modo de vida tal como se concebía entonces en la Península Ibérica. A cambio los indios tenían que pagar un precio en dinero o en trabajo, siendo ésta última la modalidad imperante en casi todo el territorio americano.

Los tres mil indios encomendados para que se sustentase...,por no haber sitio donde se los poder dar juntos, se los señaló en tres partes: en Jauja hasta seiscientos  y en Los LLanos, término de esta ciudad otros doscientos...y los demás... en la provincia de Huanuco...De todo ello le dio sus cédulas y tomó posesión. Y esto fue dos o tres meses antes que muriese. Quedaba entonces su esposa Inés Muñoz a cargo de la encomienda tal y como lo estipulaba una pragmática real expedida al respecto. Pero solamente pudo servirse de ella algunos días porque D. Diego (de  Almagro)  y otros tiranos, sus secuaces, pretendían matar a los hijos de Pizarro. Inés Muñoz, que estaba a cargo de sus sobrinos políticos, se vio forzada a huir con ellos para los amparar y guarecer. 

La ausencia de esta mujer fue aprovechada por el gobernador Vaca de Castro para arrebatarle los indios de Huanuco y entregárselos  a Pedro de Puelles, dejándole a ella unos pocos tan pobres y tan trabajados y cansados que no bastan ni tienen para sustentarme. Y a los hijos del marqués les ha quitado y despojado de todos los indios que su padre les había dado, sin dejarles más......de doscientos indios de servicio que tienen en esta ciudad ....En realidad Vaca de Castro se limitó a poner en práctica las  disposiciones del rey que ordenaban  suprimir las encomiendas demasiado numerosas, repartir los indios de forma equitativa y mejorar sus condiciones de vida prohibiendo a los encomenderos que les obligasen a desempeñar  trabajos forzados. 

Entre 1542 y 1544 (desconozco la fecha exacta), desde la Ciudad de los Reyes, Inés se dirigía a Carlos I   intentando recuperar los privilegios  perdidos con argumentos tan potentes como que había sido la primera mujer casada que  en aquella tierra entró y comenzó  a poblar...Puesto que la voluntad de V.M. nunca se harta ni cesa de hacer..... buenas obras, especialmente en favor de huérfanos y viudas.....Suplico a V.M. que los dichos indios se tornen a los dichos hijos del marqués y a mi y se nos dé alguno más para poder...remediar nuestras necesidades. Y no permita que se nos haga tan gran sinrazón ni quedar tan mal galardonados....

Tengo que decir que en 1550, casada ya en segundas nupcias con Antonio de Ribera, seguía intentando sin éxito recuperar los privilegios que otrora gozara.