La Junta General de Hacienda de las islas Filipinas determinó en 1693 fabricar un galeón nuevo, con el fin de contar con el avío necesario de bajeles  para enviar mercancías a la   Nueva España. 

El barco se construyó en el astillero de Cavite durante los años 1693 y 1694. El coste total de la construcción ascendió a 63.285 pesos o  506.280 reales españoles. La adquisición de la madera necesaria se llevó la mayor partida del presupuesto, seguida del abono de los salarios a un buen número de  aserradores, que junto con  carpinteros, calafates, barrenadores e hiladores   trabajaron hasta que el navío estuvo listo para ser botado. Importante  labor la de los indios  pandayes, a juzgar por los salarios que percibieron. 

En cuanto a los materiales utilizados cabe destacar, además de la madera, las más de 6.000 arrobas empleadas de hierro labrado en clavazón; más de 5.500 arrobas de jarcia blanca de abacá (variedad de banano),  jarcia prieta de gamut (gamuza?, 1233 arrobas) y bonote (fibra que se extrae  de la corteza del cocotero) escarmenado para las estructuras  de sujeción de  los palos y para el manejo del velamen. Brea neta (1661 arrobas), plomo de la tierra y plomo de Castilla (más del doble de caro que el anterior), aceite de coco, sebo de vaca y pintura completaban la lista de materiales necesarios para dar forma  final al galeón, al que se bautizó como " San José". 

Y se concluyó para despacharle a dicho reino (Nueva España) el año próximo pasado de 1694, como con efecto se despachó......,aunque hubo el mal suceso de perderse (a) 15 leguas de esta ciudad (Manila), al quinto día de haberse dado a la vela en el puerto de Cavite...,naufragando en los bajos de Luban.

A pesar del infortunio, el gobernador y capitán general de Filipinas, Fausto Cruzat Góngora, en carta a S.M.  fechada el 1 de junio de 1695, se mostraba satisfecho porque los costes de construcción habían sido abonados en su totalidad y no se arrastraban deudas. 

En 1696 se adquirió un nuevo galeón al que también  llamaron "San José", en sustitución del anterior malogrado. Pero en 1701 se halló tener toda la sobrequilla podrida como también otros palos, los más principales, sin tener otra cosa sana que las cuadernas......y estar incapaz de aderezo. Ante estas circunstancias  la Junta General de Hacienda determinó que se desguazase y se echase al través, cosa que se llevó a cabo tras  un decreto despachado al efecto el  29 de octubre del mismo año.