En febrero de 1494 Fernando e Isabel,  RRCC,  se dirigían por carta al corregidor de la villa de Molina de Aragón  para que informara al Consejo Real sobre el estado que presentaba la morería. Atendían así   las quejas de   la aljama y  hombres buenos moros de la dicha villa que,   a causa de  que  los dichos moros multiplicasen y otros viniesen de nuevo a la dicha villa, consideraban  necesario alargasen la dicha morería para albergarlos a todos, porque no caben buenamente los que ahora viven en ella.....Ordenaron los reyes al corregidor que comprobara  si era necesario dicho alargamiento.

Las quejas de una y otra parte  (musulmanes y cristianos) se repetían. En abril del mismo año, de nuevo los monarcas  requerían al corregidor para que averiguase si la morería  causaba algún perjuicio  al vecindario cristiano. El problema de la falta de espacio  continuaba sin resolución por lo que en octubre los reyes dirigían  otra misiva a la autoridad civil de la villa para que informase de los inconvenientes que se producían por estar la morería en la parte donde ahora está o si debía mudar a otra parte......,habida cuenta de que  los representantes de la comunidad agarena nos han suplicado y pedido que señaléis lugar y sitio conveniente para que vivan. Y que dentro del término que vos les asignéis.......,se trasladen a vivir a la dicha morería.  (Madrid, 9 de octubre 1494).

De la misma manera, estando en Burgos en enero de 1497 los reyes atendían una petición de los moros de Gandía solicitando, como era de rigor,  información   sobre el asunto. Ofrecía la comunidad árabe 2.000 maravedís de tributo a la ciudad  si se les concedía licencia para hacer un baño dentro de la morería .....,ya que el que había en la ciudad está  fuera de ella y se les hace de mal bañarse en el baño en que se bañan los cristianos....Se ordenaba al  corregidor averiguar la verdad,...Si los moros que viven en el arrabal de esa dicha ciudad  necesitan dicho baño.....El resultado de las pesquisas habría de remitirse al nuestro Consejo para disponer sobre ello como cumple a nuestro servicio y al bien de esa dicha ciudad y a los dichos moros.....

Por otra parte, en 1491, Isabel y Fernando salían en defensa de los moros de las villas de Haro, Herce y Bañares (donde muchos de ellos vivían del oficio de labrar barro vidriado) y  en contra  de Juan López, a quien amenazaron con una multa de 20.000 maravedís para la guerra de moros si no cesaban   los  atropellos y desmanes  que empleaba con  los agarenos. 

Estos y otros muchos ejemplos de condescendencia de los RRCC hacia las comunidades musulmanas,  no hacían presagiar el cercano desenlace  de  persecución y  exilio.