Estando en Madrid,  un 11 de enero de 1570, Felipe II rubricaba una carta cuyo destinatario era el doctor Francisco Fernández, recientemente nombrado Protomédico General de las Indias. La carta contenía las instrucciones que el médico debía observar una vez llegado a aquellas tierras. Porque además del desempeño de la actividad   profesional, el propio rey  le había encargado recopilar y escribir una historia de las cosas naturales en aquellas partes.

Para ello nada mejor que tomar el primer navío con destino a Nueva España, porque en ella hay más plantas, yerbas y otras semillas medicinales conocidas que en otra parte. Allí se detendría el tiempo necesario para tomar buena nota de los métodos de curación, qué sustancias se empleaban, quién las administraba y cuáles eran las dosis indicadas. Para ello debía tomar  contacto con los médicos, cirujanos, herbolarios e indios y otras personas curiosas en esta facultad, que os pareciere podrán entender y saber algo....,limitándose a tomar nota y  no censurar, en ningún caso,  las prácticas terapéuticas de los sanadores locales.

Debía elaborar una especie de registro de todas las plantas y hierbas  con utilidad medicinal en aquellos lares, describiendo, además de sus propiedades,  las condiciones edafoclimáticas óptimas para su cultivo. Tenía orden de ir enviando  a la península semillas de todos los vegetales curativos desconocidos aquí.

Una vez acabada la misión en Nueva España, se trasladaría a las provincias del Perú con el mismo objetivo.  Allí, aunque se os da título de Protomédico de todas las Indias......., no se le permitiría ejercer como tal   fuera de cinco leguas alrededor del lugar que escogiera para residir. De esa forma se mantenía  en la dirección del Protomedicato  a su homólogo, doctor Sánchez de Renedo,  cuya labor profesional siempre había sido del agrado del rey.  Sí le estaba permitido, en cambio,  examinar y dar licencia a las personas de las dichas provincias que, de su voluntad, vinieren ante vos para este efecto (ejercer como médicos).

Entre otras obligaciones, era preciso que Fernández residiera en un lugar donde hubiera Audiencia y Chancillería. De esa manera sería la Audiencia la encargada de fijar  el salario que debía percibir, pero siempre atendiendo a la calidad de la tierra....