Aunque el pensamiento ilustrado de Pablo de Olavide gozaba del beneplácito de Carlos III, al rey no le convenía enemistarse con los prebostes de la  Iglesia, de quienes Olavide era enemigo manifiesto.  Por eso y con el fin de pararle los pies, es posible que el monarca tuviese algo que ver en la detención de Olavide,  el 16 de noviembre de 1776, por parte   del Tribunal de la Inquisición, acusándole de hereje.  Desempeñaba hasta ese momento el cargo de superintendente de las Nuevas Poblaciones de Sierra Morena. 

La Instrucción de la causa judicial se dilató por espacio de  dos años, leyéndose la sentencia el 24 de noviembre de 1778.   Por aquél entonces era Pío VI el sucesor de San Pedro; y Felipe Beltrán, obispo de Salamanca, inquisidor general. La lectura de la causa, publicada en autillo secreto, se extendió desde las ocho de la mañana hasta las dos y media de la tarde, asistiendo al acto  ochenta personas de distinción.

Salió el reo despojado  de los atributos de la Orden de Santiago, pero se le eximió de vestir el sambenito y aspa de San Andrés. Portaba  una vela verde y se sentó en un banquillo a escuchar las acusaciones que más de ciento ochenta testigos habían proferido en su contra, tales como que:

Toleraba el desorden de los vicios,    se burlaba de las prácticas piadosas......Afirmaba que era inútil la invocación a los santos. En una ocasión que vio a San Antonio con dos velas encendidas las derribó con el bastón diciendo que no quería supersticiones.....Negaba los milagros y decía que eran  inútiles las muchas misas a los difuntos, que una era suficiente. Solamente condenaba el robo y el homicidio y nunca corrigió los adulterios y amancebamientos en Sierra Morena. Tenía además muchas pinturas obscenas que por un lado eran países y al reverso mujeres en posturas muy indecentes y las más, escandalosas...Respecto al matrimonio solía afirmar que el repudio era útil y necesario y no tenía que intervenir la Iglesia porque bastaba el consentimiento de las partes.....Hacía gala en público de su amistad con Rousseau y Voltaire. Este último, al parecer, escribió que si Madrid tuviera cien hombres como Olavide, sería Madrid otro París.

En el momento en que el tribunal le declaró hereje, el reo sufrió un desmayo y hubo que    suministrarle  agua y vino. Se dice que abjuró de sus errores bañado en lágrimas. Los jueces lo interpretaron como un arrepentimiento sincero  y le conmutaron la pena de excomunión. Aún así fue condenado a permanecer ocho años recluido en un claustro, rezando a diario de rodillas el rosario, aprendiendo doctrina cristiana y, sobre todo, leyendo la Guía de Pecadores de Fray Luis de Granada. Todos sus bienes se confiscaron y se le prohibió para el resto de sus días, vestir sedas, terciopelos, usar galones de oro y plata o piedras preciosas. Y sólo gaste un paño común y de poca costa....

En 1780 logró huir a Francia, asunto que traté en otro artículo.