La introducción, planteada inicialmente en agosto de 1592,  del tributo de las alcábalas en Quito fue la verdadera causa de las graves revueltas civiles desatadas. El 26 de enero de 1594, fray Francisco Ordóñez, prior del convento de San Agustín de esa ciudad, declaraba en la Audiencia que hacía más o menos cuarenta días, pasó lo siguiente:

Apareció en el convento un hombre que, hincado de rodillas, dijo que quería confesar con el susodicho fraile y así empezó a decir: Que él había sabido y entendido que en la rebelión pasada el fraile que lo estaba confesando  había sido de parecer que el general Pedro de Arana no entrase en esta ciudad. Y que le tenía por hombre brioso a este que declara (fraile) e hidalgo. Y que así se atrevía a él más que a otro....Y que le hiciese placer de hablar a dos personas de esta ciudad porque con ellas y la gente de su casa y muchos mestizos....tenía harto para hacer pedazos a los señores de la Real Audiencia,  especialmente a dos o tres de ellos. Y que diera a los diablos el alma por los poder hacer pedazos.... .Que alzando una bandera de pellejo de perro bastaba para alzarse con la tierra según estaban las voluntades...

En esta primera declaración el fraile confesor no reveló el nombre del feligrés aunque sí lo hizo en una segunda ocasión con una petición expresa a la autoridad judicial: Que no se proceda a efusión de sangre ni mutilación de miembro..... 

  Francisco Moreno Costilla, que así se llamaba el penitente,  había conspirado a favor de los miembros de la Audiencia para que el general Arana, con su ejército, entrara en la ciudad  y garantizara el orden y el cobro del tributo. Sin embargo, luego, al no verse suficientemente recompensado, cambió de bando y se colocó al frente de la población civil rebelde  que se oponía al establecimiento de la alcábala. Contaba  con la colaboración de Alonso de Aguilar, el albañil, cuyo hijo había sido ahorcado por mandato de la Real Audiencia y por esta causa daría el alma al diablo por poderse vengar....

Era Moreno Costilla un hombre casado y con hijos, de nación española, rico y hacendado en esta ciudad de Quito. Tenía una pierna de palo, aunque para andar a caballo no le hacía ninguna falta porque haría una pierna con pie para andar tan fuerte a caballo como si tuviera la pierna sana.....Y que ahora se hacía mojigatillo y que después los diablos no le conocerían.....