El emperador Carlos I se ausentaba con frecuencia del territorio español, donde aún no se podía hablar de la existencia de una corte estable debido a  que itineraba por distintas ciudades.  Felipe II, su hijo, sería quien estableciera en Madrid la capitalidad del reino, mediado ya el siglo XVI. 

Sabido es  que como Carlos I heredó más de una corona,  pasaba largas estancias en Flandes, Alemania o Austria atendiendo y defendiendo sus posesiones en aquellos lares. Su fiel  esposa, Isabel de Portugal, ejercía la regencia en España durante los largos periodos de ausencia del rey.

Los monarcas estaban agradecidos a Francisco Pizarro por su labor en la conquista y pacificación de la provincia de Perú y ciudad de Tumbes:  

Somos contentos y nos place que vos, el dicho capitán Pizarro.....tengáis la administración y gobernación de los indios de la isla de Flores que es cerca de Panamá ......y gocéis de todos los aprovechamientos que hubiere....tierras, solares, montes, árboles, mineros y pesquería de perlas....

con la condición de pagar a los oficiales de la corona de la provincia de Castilla del Oro, 200.000 maravedís en cada un año más  el quinto de todo el oro y  perlas que en cualquier manera y por cualesquiera persona se sacase en dicha isla; ...sin descuento alguno.

Los reyes otorgaban plena libertad a Pizarro para aceptar o no la oferta. Ahora bien, si aceptaba, como así fue,  debía comprometerse a....que los dichos indios de la dicha isla de Flores no los podáis ocupar en la pesquería de perlas ni en las minas de oro ni de otros metales, sino en las otras granjerías... Todo esto se recogía en una cédula firmada por Juan Vazquez, por mandado de S.M. la reina ... en Toledo a 27 de julio de 1529 años.

Pizarro era basicamente un conquistador y, por ende, organizaba y participaba en expediciones militares que le obligaban a ausentarse  de sus tierras durante largos periodos de tiempo. Por esta razón hubo de nombrar en la isla de Flores una persona para  que la granjee.

Pronto llegó a oídos de la reina que ....Francisco Pizarro no trata bien a los dichos indios....y los trabaja mucho sacándolos de sus tierras y llevándolos a otras partes a trabajar y (a) hacer canoas y  (a) guardar puercos y (a) acarrear madera para un navío que  el dicho Francisco Pizarro, dicen,  hace en esa tierra... Y que de ello trae a los hombres desollados....Y que su lugarteniente en la isla ...les llama perros y les da palos y les hace comer hierbas. Y que a esta causa muchos de los dichos indios se han ido y ausentado de la dicha isla....

La gravedad de las acusaciones contra el capitán obligaron a los miembros de Consejo de Indias a reunirse con Isabel de Portugal  para acordar la redacción de una cédula y  dirigirla   a las autoridades de aquellas tierras .....Os mando que luego  veáis cómo y de qué manera el dicho Francisco Pizarro y sus factores y criados han tratado  y tratan (a)  los dichos indios y no consintáis ni deis lugar a que sean maltratados ni que persona alguna los saque de la dicha isla sin licencia nuestra....En la misma cédula iba inserta la orden de nombrar un clérigo de buena vida y ejemplo .....que los industrie y enseñe en las cosas de nuestra fe católica ....

(Segovia 28 de septiembre de 1532 años. Juan de Sámano (por mandado de S.M.la reina).